Аниме повествует о Наруто, Сакуре и Сикамару, которые во время миссии по поимке хорька подвергаются нападению неизвестных ниндзя. В этот момент Наруто оказывается отрезанным от своей команды и раскрывает силу, лишенную связи с чакрой, причем узнает о древней цивилизации, давно исчезнувшей. 

После воссоединения с друзьями, Наруто понимает, что ему предстоит сразиться за спасение всего мира от новой угрозы. Великие сражения, неожиданные открытия и верные друзья становятся ключом к победе в этом волнующем и захватывающем продолжении истории о Наруто и его путь ниндзя.